- 휴면 토양 미생물의 소생이 마이크로바이옴 재조립과 생태 기능에 미치는 영향 연구
- 미생물  표현형 정보를 활용한 토양/지하수 생태 위해성 평가 기술 개발 
- 피부 마이크로바이옴에서의 다중 미생물 상호작용 연구 
- 광학기술(라만분광법, 유세포 분석) 기반 단일 세포(single cell)의 표현형 분석 및 고속 분리 기술 개발  

데이터마이닝 기법을 활용한 환경 자료 분석
생지구화학순환을 이해하기 위한 미생물 생태학 (환경 미생물학) 
토양/지하수 오염 정화 기술